El clima de esta zona está muy condicionado por una situación geográfica cercana al  mar Cantábrico (a unos 60 Km en línea recta) y  por la ausencia de obstáculos montañosos notables. Esto provoca que la influencia oceánica sea muy grande y  llegen numerosos frentes nubosos.

Por otro lado, el paso de parte de las nieblas procedentes del Norte, alimenta la humedad ambiental de la zona, muchas veces en forma de xirimiri.  Así, puede darse la situación de que en Burguete haya un día soleado mientras que en Roncesvalles esté nublado, con lluvia y 5º centígrados menos de temperatura. Este gradiente es tan acentuado en el monte de Bidausi, al sur de Burguete, que se pueden registrar un 20% menos de precipitaciones que al Norte.

La media anual de precipitaciones es de 2.200 litros por m², lo que la convierte en una de las zonas con más lluvias de la Península Ibérica, con casi el triple del agua caída en la cuenca de Pamplona.

Las heladas son un hecho frecuente y se registran hasta en diez meses del año (salvo en julio y agosto).

Este clima de abundantes precipitaciones contribuyen a que los suelos de Burguete sean profundos y muy acidificados, con abundante capa de materia orgánica y humus en la parte superficial.